طويلة من بناء الكنيسة رأى البيزنطيون ان اتجاه المذبح للغرب تخالف
الرسوم الشرقية فنقلوه الى الشرق حيث كانت الأبواب ووضعوها هناك
على الفسيحة التي يتقدمها الدرج وفتحوا بابا من الغرب مكان المذبح القديم
وقد وجدت اثار تدل جليا على ذلك .
ولما استولى العرب على البلد حولوا ابنيتها العظيمة الى قلعة ومحوا آثار
الديانة المسيحية من داخلها و بنوا في سوق الكنيسة الأيمن حماما وفي صحنها
وسوقها اليسرى بيوتا للسكن وفرشوا أرضها بالفسيفساء الملونة ووضعوا في
فناء دورها الحياض المزخرفة وقد ترك الالمان بعض الآثار التي تدل على ذلك .
الهيكل الكبير او هيكل جو بيتر : هو الهيكل الذي كانت ولم تزل
شاخصة الى عظمته وفخامته عيون جميع زائري بعلبك . وقد جعل
الاقدمون امامه البهي والأروقة التي فصلنا عنها ثم رفعوه على دكة عظيمة
ارتفاعا يبلغ ثمانية امتار بالقياس الى ارتفاع الأبنية التي امامه وعشرين
مترا عن سطح ارض المدينة المجاورة واحاطوه بالأعمدة الهائلة وزينوه
بالزخارف المجسمة فتصاغرت امامه تلك الأبنية مع انها والحق يقال
اعجوبة الزمان ومن ابدع ما ولدته فكرة الانسان .
طول هذا الهيكل من الشرق إلى الغرب ۸۷ مترا و٥٠ س وعرضه
٤٧ و٥٠ س بما فيه اعمدته وما عدا سوره الخارجي . وكان يحيط به أربعة
وخمسون عمودا من الطرز الكورنثى منها في جهتيه الشمالية والجنوبية أربعة
وثلاثون وامامه عشرة وخلفه عشرة أخرى . وكل عمود مركب من خمس قطع
مع التاج والقاعدة مجموع ارتفاعها ٢٠ مترا وقطر العمود متران و۲۳ سنتيمترا .
وفوق العمود افريز علوه أربعة امتار وهو بديع النقش وفي قسمه الأسفل سلسلة
من تماثيل الثيران والأسود مرتكزة على قاعدة من ورق الخرشوف . وقد
وجد الالمان عدة منها سليمة من التهشيم وفي طنفه الأعلى (القفا تخته)
خط من اسنان العجوز والبيض والنبال وحب اللؤلؤ وفوقها نقش المفتاح