وفي اواخر سنة ١٦٢٣ المذكورة قدم الصدر الاعلام خليل باشا الى حلب فسمى عنده الامير فخر الدين بالامير يونس الحرفوش نقبض عليه وقتله و وفي سنة ١٦٢٤ تولى الامير فخر الدين المعني على ولايات عربستان وانعم عليه السلطان بلقب «سلطان البر » فبداء يطوف عساكره متفقداً شؤون ولاياته فلما وصل الى بعلبك فر الخرافشة إلى المشرق مذعورين فاطلق فخر الدين الامان للرعية فحضروا لديه مسلمين وقدموا له الاقامات وتعهدوا بدفع خمسة واربعين الف غرش خدمة . ثم امر الامير بترميم القلعة ومكث هناك شهرا الى ان تم ترميمها فوضع فيها عسكرا وذخيرة وسار الى قب الياس . وفي سنة ١٦٢٦ توجه الامير حسين بن يونس الحرفوش الى حاصبيا ماتمسا شفاعة الامير علي الشهابي عند الامير فخر الدين فسار الامير علي به الى صيدا فاكرم فخر الدين مثواهم وطيب قلب الامير حسين فرجع لبلاده مسرورا وكان من الامير فخر الدين انه لما استوثق له الامر وعنت لسلطته اقاليم سورية اخذ يحشد الجيوش ويهيء الامور للاستقلال فارسلت عليه الدولة العلمية جيوشها المظفرة بقيادة احمد باشا الحافظ عدوه القديم في سنة ١٦٣٣ . فقدم اليه الاميران حسين ومحمد ابنا الأمير يونس طالبين حمايته فاقرها على امارتهما في بعلبك واقليمها الواسع ثم ناجز الامير فخر الدين وهزم جيوشه واخذه أسيرا وارسله الى الاستانة حيث لقي
عقوبته وهذا كل ما انتهي الينا من اخبار الامير يونس واولاده وفي سنة ١٦٦٤ كانت زلزلة عظيمة هدمت جانبا كبيرا من القلعة وفي سنة ١٦٧١ استنجد الامير على الحرفوش والي الشام على ابناء عمه الامراء عمر وشديد و يونس فسير معه كتيبة الى بعلبك حيث هزم الامراء المذكورين ونهب ارزاقهم وحرق دورهم وتولى بعلبك. وفي سنة ١٦٨٠
