ويطمئن كذلك الحسين بن علي بن عيسى بن ماهان الذي كان ارسله الأمين الى الشام من تقويم الحالة بعد موت عبد الملك فعاد إلى بغداد. ولما أراد الأمين أن يحاسبه عما فعل رفع راية العصيان، وهزمم جند الخليفة وأعلـــن خلعه (۱۱ رجب)، وأخذ البيعة للمأمون، ولم ينقض يومان حتى كان الخليفة أسيراً، هو وأمه زبيدة، وتم ذلك بتدبير العباس بن موسى بن عيسى الذي كان قد استماله الفضل بن سهل - كما رأينا، ولكن الحسين لم يستطع السيطرة على الموقف، فثار به الجند وأطلق الأمين، وأعيد إلى كرسي الخلافة. وبذلك، قدر للنزاع بين الأخوين أن يستمر مدة أطول.
وفي هذه الأثناء وقعت بغداد فريسة للفوضى، وبلغ من حرج مركـز الأمين أنه لم ينتقم من الرجل الذي خلعه بل عفا عنه1، وأكثر من هذا أنه لم يجد قائداً غيره للقيام بحرب المأمون2، فوجهه لذلك. ولكن الحسين كان قد فقد الثقة في موقف الأمين فحاول الهرب إلا أنه أخذ وقتل. وظهر الفشل في حزب بغداد بهرب الفضل بن الربيع، وكان القوة المحركة لهذا الحزب واختفائه بعد مقتل الحسين.
ظهر بجلاء إذن أن موقف بغداد ميئوس منه، وكان من الطبيعي أن تتقدم جيوش خراسان بسهولة وألا يصادف، طاهر بن الحسين عقبات خطيــرة، فتمكن من الاستيلاء على الأهواز، بعد أن حاول واليها الدفاع عنها فلقي حتفه، كما أن طاهر أصيب في هذه المعركة بجراح بليغة (فقطعت يده). وباستيلائه على الأهواز تمكن من السيطرة على المنامة والبحرين وعمان (علـى الخليج الفارسي من شبه جزيرة العرب) وأرسل إليها عمالاً يلونها من طرفه. واستمر تقدم طاهر المظفر دون مقاومة حتى أتى واسط التي استسلمت
